TMSA est organisée autour de trois pôles métiers : le portuaire, les zones d’activité, et le développement territorial. Afin de concilier les exigences d’efficacité avec celle du maintien du recul stratégique, l’orientation retenue par TMSA est de domicilier les activités opérationnelles dans le cadre de filiales autonomes en partenariat, le cas échéant, avec des institutionnels ou des opérateurs métiers.  Le siège de TMSA demeure en charge du pilotage stratégique, du développement, de la mise en œuvre des synergies  métiers et des compétences, et des missions territoriales.